为了推进矿业权市场形成与发展，确保矿业权取得和流转得以顺利进行，国土资源部又先后出台了有关矿业权转让审批、出让转让、管理、评估管理、评估资格管理、价款转增国家资本管理、使用费和价款管理的规定或办法，以及探矿权采矿权招标拍卖挂牌管理办法（试行）（以下简称招拍挂管理办法）等一系列规范性文件，有效地规范了矿业权市场。1998年和1999年，全国开始统一依照新的法律法规换发勘探、开采许可证，标志着矿业权市场初步确立。
在市场中取得与流转时遇到的法律性问题虽然矿业权的取得和流转有了市场的保障，但是矿业权市场尚不发育，保障措施很不完善，因此在市场中取得和流转矿业权，还存在诸多法律性问题。
相关法律法规缺少相关内容勘查管理办法、转让管理办法和矿产资源法等法律法规目前存在一些法律漏洞。缺少非国家出资的相关规定目前，在我国，国家出资与非国家出资相伴生而存在，相依存而发展。而现有相关法律法规中仅对国家出资形成的矿业权作出了明确的规定，而对非国家出资形成的矿业权却没有任何规定性文字。
勘查管理办法第十三条规定，申请国家出资勘查并已经探明矿产地的区块的探矿权的，探矿权申请人除依照本办法第十二条的规定缴纳探矿权使用费外，还应当缴纳经评估确认的国家出资勘查形成的探矿权价款；探矿权价款按照国家有关规定，可以一次缴纳，也可以分期缴纳、国家出资勘查形成的探矿权价款，由国务院地质矿产主管部门会同国务院国有资产管理部门认定的评估机构进行评估；评估结果由国务院地质矿产主管部门确认。
无独有偶，转让管理办法第九条规定，转让国家出资勘查所形成的探矿权、采矿权，必须进行评估。
这两个条款均仅对国家出资勘查形成的矿业权规定有评估程序、矿业权价款等内容，而对非国家出资勘查形成的矿业权却没有相关规定，存在一系列问题。如，这种非国家出资是否存在矿业权价款问题如果存在，是否可由当事人双方协商确定是否也要评估如果需要，那么应由谁进行评估是否也必须由国务院地质矿产主管部门会同国务院国有资产管理部门认定的评估机构进行评估没有被上述部门认定的评估机构是否一定没有资格评估的结果如何保证其真实可信是否也需要对评估结果进行确认如果需要，由谁进行确认更具合理性如果这部分矿业权不经过评估，那么它们在流转中的价值有没有一个参照指标如果没有参照指标，收取矿业权价款就失去了参照依据，自然也就无法收取价款；如果对这部分矿业权不收取价款，那么将会导致国有资产的流失。这又将如何处置等等。
招拍挂管理办法第二章（范围）第七条规定，国家出资勘查并已探明可供进一步勘查的矿产地，主管部门应当以招标、拍卖、挂牌（以下简称招拍挂）的方式授予。那么，非国家出资勘查并已经探明可进一步勘查的矿产地是否也应当以招拍挂的方式授予这些问题则在目前的相关法律法规中没有任何相应的规定。必然会造成矿业权市场的混乱，影响矿业权的取得和流转。
缺少关于可申请探矿权区块地质条件的相关规定勘查管理办法第六条仅规定了探矿权申请人申请探矿权时应当向登记管理机关提交资料的种类，但对什么地质条件下的区块可申请探矿权却没有做出规定。一定地质条件下的区块是申请探矿权的前提，如果没有了前提，申请也就失去了依据，自然也就无法申请探矿权。而对于那些不能或不允许设置矿业权的区块，即使是把申请人应提交的资料种类规定得再详细也没有任何意义。如果不管什么地质条件的区块都来申请探矿权，那么势必造成管理上的混乱和各种地质灾害的频繁发生。
缺少关于虚假投资的相关规定勘查管理办法中规定的探矿权使用费和最低勘探投入数额并不高，但探矿权转让后却有较高的溢价前景，致使一些企业或单位想方设法在空白区或仅仅体现为一种金属异常的区域大量申请设置探矿权，导致跑马圈地式的、并不是真正做投入的虚假投资，严重影响了矿业权市场的正常运行，扰乱了市场秩序。然而，对这种虚假投资，目前的法律法规却没有任何限制性的规定。
缺少矿业权与相应的土地使用权关系的相关规定矿产资源法第三十二条第一款规定，开采矿产资源，应当节约用地。这种规定没有说出采矿权与矿产地土地使用权的关系。另外，对勘查用地没有任何规定，探矿权流转也存在土地使用权关系障碍。采矿权与矿产地土地使用权、探矿权与勘查区土地使用权分别是两种不同性质的权利。勘查区土地使用权和矿产地土地使用权均存在国家所有、集体所有、个人所有三种形式，如何处理矿业权与三种形式的土地使用权的关系，直接影响着矿业权的顺利取得和自由流转。如果在国有土地上勘探开采矿产资源，矿业权人可依据现有的出让或临时用地等方式取得国有土地使用权。而在集体土地或个人土地上勘探开采矿产资源，如何规范土地使用权的所有权人（集体、个人）与探矿权人之间的关系，则缺少法律依据。如果矿业权人与勘查区或矿产地土地使用权人不一致，那么在取得与流转矿业权时，矿产资源上面的土地使用权是否随着矿业权的取得而取得，随着矿业权的流转而流转以何种方式参与流转土地补偿费如何确定等等。这些问题说明矿产资源法在矿业权与其相应的土地使用权的关系上缺少应有的规定。
现有矿产资源法律法规相互之间缺乏衔接矿产资源法第二十八条规定，矿床勘探报告及其它有价值的勘查资料，按照国务院规定实行有偿使用。这个规定与地质资料管理条例实施办法中探矿权人有汇交地质资料的义务的规定相矛盾。
地质资料既然是汇交且是一种义务，当然是无偿的了。这与有偿使用形成鲜明的对立。另外，这个规定也与当前我国已实行的矿业权有偿取得制度不相吻合。地质资料是依附于矿业权的知识产权的表现形式，它的价值与矿业权密不可分。矿业权的价值中应该已经包含了所有相关地质资料的价值，只有这样，矿业权才是完整的。既然矿业权实行了有偿使用，支付了矿业权的价值，就不能再支付地质资料的价值；既然地质资料的价值包含在矿业权的价值之中，就不能无偿汇交，也不能再是一种义务。显然它们之间存在不相衔接或相互违背的地方。
加强矿业权取得和流转间期的管理，维护正常秩序矿业权取得和流转间期是矿业权人依法经营期，在此期间，如果矿产品市场出现不正常竞争，势必要导致超能生产、暴利暴富，从而导致矿业权非正常升温、非法转让、逃避管制、偷税漏税等系列恶性事件发生，严重扰乱矿业权市场，影响矿业权取得和流转的正常进行。因此，在矿业权取得和流转间期，必须制定一系列的制度，加强市场管理，加强对矿业权人的法制宣传和教育，严格规模开采，提高准入条件，控制矿业权总量，加大监督检查力度，从而维护矿业权取得和流转的正常进行。